A maligna Federação Comercial, aliada ao Lorde Sith Darth Sidious, bloqueia as remessas para o planeta Naboo. Para evitar a guerra, Chanceler Valorum envia dois Cavaleiros Jedi, Qui-Gon Jinn e Obi-Wan Kenobi, para negociar. Mas a Federação invade Naboo, e os Jedi são obrigados a aterrisar no planeta. Lá, resgatam a Rainha Amidala e vão com destino à Coruscant, capital da República Galáctica. Então o impulsionador para o hiperespaço da nave falha, e são obrigados a procurar um novo em Tatooine, onde Qui-Gon acha um escravo com dons da Força chamado Anakin Skywalker. Qui-Gon Jinn leva Anakin para Coruscant, a fim de que ele venha a ser treinado, mas o conselho Jedi o rejeita.
Dois Jedis são mandados para Naboo para negociar o fim do bloqueio espacial provocado pelo Vice-rei da Federação de Comércio. O Vice-rei, ao descobrir que os dois são Jedis, manda eliminá-los, mas os dois conseguem fugir, eles são Obi-Wan Kenobi e Qui-Gon Jinn. Como a federação invade Naboo, os dois conseguem fugir e entrar na grande floresta que cobre parte do planeta. Sem querer, Qui-Gon salva um Gunga, Jar-Jar Binks que com relutância leva os dois Jedi para Gunga City onde o Rei dá para eles um submarino para atravessar o planeta pelo mar e assim chegar a capital de Naboo. Lá os dois salvam a Rainha Amidala e sua servente. Os quatro junto de vários membros e prisioneiros da Federação escapam em direção a República, Coruscant.
Durante a fuga, a nave é atingida pela Federação e, quem salva a todos, é o pequeno robô R2-D2. Entretanto, eles são obrigados a fazer um pouso de emergência no planeta Tatooine, onde o dinheiro da república não vale. Então Qui-Gon negocia as peças da nave com o aliem Watto, que aceita dar as peças numa aposta quanto a uma corrida de Pod Racers. Na loja de Watto, Qui-Gon Jinn, R2-D2, Jar-Jar Binks e Padmé Amidala (que, na verdade é a própria Rainha disfarçada de criada), conhecem seu escravo, um garoto chamado Anakin Skywalker. Vendo que o garoto possui elevada concentração de midi-chlorians, Qui-Gon aposta nele na corrida: se ganhar, ele leva as peças e o garoto (que Qui-Gon imagina ser o escolhido a qual diz a profecia Jedi).
Após ser
sabotado várias vezes por Sebulba durante a corrida, Anakin
consegue vencer de forma emocionante usando seus instintos, garante
sua alforria, se despede de sua mãe e seu ciborgue de relações
humanas C-3PO e vai embora com eles
para Coruscant. Antes de partirem, um Sith, Darth
Maul, os ataca e Qui-Gon se defende e conseguem escapar. No
templo Jedi, em Coruscant, Anakin é rejeitado para treinamento, mas
Qui-Gon insiste em treiná-lo. Senador
Palpatine é eleito Chanceler Supremo. Há um confronto feroz de
sabres de luz entre Qui-Gon e Obi-Wan contra Darth
Maul, porém Qui-Gon é morto.
Obi-Wan por fim, elimina Darth Maul (que
era apenas mais um fantoche de Darth
Sidious), e assume Anakin como seu Padawan.
Dez anos se passam e a República está em uma crise terrível. Anakin Skywalker e Obi-Wan Kenobi tem uma nova missão: cuidar pessoalmente da ex-rainha de Naboo, e agora senadora, Padmé Amidala, que está sendo misteriosamente perseguida por um inimigo ainda desconhecido, que quer lhe tirar a vida. Enquanto isso, Obi-Wan parte numa investigação paralela para descobrir por que motivo estão querendo matar a senadora. Os Separatistas liderados por Conde Dooku (servente de Darth Sidious) atacam. Obi-Wan descobre um Exército secreto de clones encomendado pelo mestre Syfo Dias para a República. Quando a guerra começa, os clones lutam contra os droides, enquanto isso, Anakin Skywalker tenta deter Conde Dooku e começa uma luta, mas Anakin acaba perdendo o seu braço, até vir mestre Yoda e ajuda Anakin e Obi-Wan Kenobi. O fim do filme mostra Padmé e Anakin se casando com apenas R2-D2 e C3PO como testemunhas.
Guerras Clônicas
De acordo com o argumento de Star Wars, entre este filme e o seguinte da série teria lugar a Guerra dos Clones, ou Guerras Clônicas, um combate entre os clones, liderados pelos Cavaleiros Jedi (que lutavam pela República) e droids (que lutavam pela Confederação dos Sistemas Independentes).
Guerra! A República está a desfazer-se sob os ataques do impiedoso Lord Sith, Conde Dookan. Há heróis em ambos os lados. O Mal está em toda parte. Numa fantástica manobra, o diabólico líder dos dróides, General Grievous, entrou de assalto na capital da República e sequestrou o Chanceler Palpatine, líder do Senado Galático. Enquanto o Exército Separatista tenta escapar da capital sitiada com seu valoroso refém, dois cavaleiros Jedi, Obi-Wan Kenobi e Anakin Skywalker, lideram uma desesperada missão para resgatar o Chanceler
Neste terceiro filme, o Supremo Chanceler Palpatine ganha a confiança de Anakin Skywalker, que, depois de saber que a sua mulher, a senadora Padmé Amidala, está grávida, e que pode morrer durante o parto, decide salvá-la, mesmo tendo que se aliar ao Lado Negro da Força e se tornar Darth Vader.
Enquanto Obi-Wan Kenobi, parte para o planeta Utapau, em perseguição ao General Grievous, Anakin denúncia Palpatine, que na verdade é um Lorde Sith, Darth Sidious. Mas Anakin ama tanto sua esposa Padmé, que acaba por cortar a mão de Mace Windu pois esse mataria Palpatine, o único que poderia ensinar Anakin como salvar Padmé e Palpatine/Darth Sidious solta uma descarga de raios elétricos, o que faz Mace Windu cair do prédio. Assim, Anakin torna-se Darth Vader e recebe ordens de acabar com os Jedis. Depois iria para o sistema Mustafar, aonde acaba com todos os líderes separatistas incluindo o líder Federação de Comérico, Nute Gunray. Nesse momento começa o extermínio dos Jedis, a vingança final dos Sith. Só Obi-Wan Kenobi e o grande mestre Yoda sobrevivem.
Obi-Wan parte para o planeta Mustafar escondido na nave de Amidala, e luta com Anakin para salvar a galáxia. Yoda parte para Coruscant para matar o Imperador Palpatine ou Darth Sidious, mas acaba falhando. Depois dessa luta, Anakin ficou mutilado e queimado, e por essa razão, Darth Sidious pôs-lhe uma armadura, na qual ele viria a ser conhecido como Darth Vader. Pouco tempo depois, Padmé dá a luz aos gêmeos Leia e Luke, que foram divididos quando nasceram para que seu pai, Anakin Skywalker, agora Darth Vader, pensasse que eles não haviam sobrevivido. Padmé morre no parto e os seus filhos seguem caminhos diferentes: Leia é levada para a corte de Alderaan, e é criada por Bail Organa, grande político que lutou ao lado dos Jedis na Guerra dos Clones, enquanto Luke é levado para Tatooine, planeta onde sei pai nasceu, para ser criado pelos seus tios, Owen e Beru Lars.
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